与国外的增值税制相比较，我国的增值税具有几个显著的特点：首先，它是一种生产型的增值税，允许抵扣原材料采购所支付的进项税额，而消费型增值税对固定资产和原材料中相应的进项税额均可抵扣。其次，在抵扣增值税进项税额时，实行购进扣税法，并且要求企业持有合法的增值税专用。最后，采用多环节、多次征收的办法，即在每个有增值的流转环节均须征税。
具体到软件企业，这样的税收政策在一定程度上就存在着不合理性。第一，软件产品本身所包含的直接材料成本较低，软件企业的成本费用支出多集中在技术开发方面，根据增值税制的特点，软件企业相当一部分资产费用性质的支出无法记入进项税额进行抵扣。第二，软件企业最宝贵的资产是人才，软件产品开发过程中直接人工的投入在产品成本中占很重要的部分，但这部分无法抵扣相应的进项税额。第三，软件产品开发周期长，附加值高，某些复杂的大型软件产品需按项目的完工程度确认收入。
高附加值的产品会造成一定时期的销售收入和销项税额偏高，销售收入确认的时间以及和相应进项税额配比的情况对软件企业实际税负会有较大影响。第四，软件企业间存在大量分工协作的现象，对软件企业来说，其产生增值的流转环节与其他制造型工业企业有较大差异。对于以外包方式合作开发的软件产品，在委托方提供主要材料的情况下，受托方要就其实际收入的全额缴纳增值税而非营业税，这不利于推进专业化、协作化的软件产业导向。
针对以上情况，国家对软件企业适用的增值税税收政策进行了多次调整。财税字[1999]273号文规定，对增值税一般纳税人销售其自行开发生产的软件产品，按17%的法定税率征收增值税后，对其增值税实际税负超过6%的部分实行即征即退政策。财税[2000]25号文又进一步规定，对软件企业征收增值税后实际税负超过3%的部分予以退税。这一比例接近我国制造业企业平均实际税负水平，考虑到国家对软件产业发展的支持，这一比例仍有继续降低的余地。