菊花的来源是多方面，是多元而不是单元起源。菊花是异花受粉植物。人们在长期的实践过程中，运用种间，甚至属间杂交的办法，来获取菊花的新性状，并通过返交、互交等有性过程来获得新性状的分离。这样如此返复的遗传重组合和性状的分离，新性状就越来越多。在这个过程中，有意识的人工杂交和随机的自然选择都可以同时出现或交替发生。但是，去劣择优的人工选择过程，却永远起着主导作用。菊花染色体极其有限。仅记录到菊花是6倍体，2n=54。菊花新品种产生的另一个可能的途径是体细胞的突变（芽变），用固定芽变的办法来获得新品种。
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