1、新旧财税政策之间的冲突
由于刚刚进行财税改革，在过渡期存在事业的财税政策较为复杂，比如“营改增”前存续的旧项目可选择适用“简易增收”或按照新项目适用新政策。企业因此在生产经营过程汇总，会存在新旧财税政策之间交织的问题，项目税务处理中混乱，最后造成应缴纳税不正确的情况。
2、多缴纳税款的风险
在进行财税改革的过程中，“营改增”税制改革是一个比较重要的举措，全面实施“营改增”中涉及到了很多税务优惠政策，包括了退税和免征增值税等方面，还有一些特定的税务项目，因此可以看出财税改革过程中会涉及到一些新的税收政策，如果企业的管理不能正确的理解这些税收政策，就会导致企业多缴纳税款的问题发生，加大了企业税务管理的风险。
3、抵扣进项税额导致的风险
财税改革后，对进项税抵扣也变得相对复杂。比如用于简易征收项目部分的投入不能抵扣。往往企业存在一部分公共投入，即服务与简易征收项目，又服务于一般纳税项目，这部分进项税需要进行分拆。企业一般都会采用进项税抵扣的方法来进行合理的避税，这部分进项税抵扣行为会提升企业的税务风险，后期企业补缴税款，需缴纳一定的滞纳金，情节严重的时候会严重损害企业在社会群众中的声誉。
4、税收政策掌握不准确导致的风险
由于我国很多税收减免政策由以前的批准制改为备案制，大幅提升了企业的税务风险。如果办税人员不能准确掌握相关政策，错误的适用减免税政策，由于是备案制，容易造成不能及时发现，发现时需要补交罚金及滞纳金等，给企业带来恶劣影响。
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