医院废水处理设备采用国际先进的生物处理工艺，在总结国内外生活废水处理装置的运行经验的基础上，结合自己的科研成果和工程实践，设计出一种可地埋设置的成套有机废水处理装置，集去除BOD5、COD、NH3-N于一身，具有技术性能稳定可靠、处理效果好、投资省、自动化运行、维护操作方便、不占地表面积、不需盖房、不需采暖保温等优点。地面之上可种花种草，不影响周围环境。
此装置一般埋设于地表之下，运用二次生物接触氧化处理工艺，它处理的效果超越全混合生物氧化池，对水质的适应性强度高，保证了水处理的稳定性。该设备在池中采用了新型弹性立体填料，对污水中的有机物质具有去除的功能。
医院污水处理主要是，即杀灭病原体。常用的方法是氯化或用臭氧(见水的、废水氧化处理法)。
医院排出的放射性废水常用贮存衰减法处理。医院常用的放射性同位素如131碘,32磷,198金，24钠等是半衰期较短的同位素，因此可以将放射性污水贮存于地下专用衰变水池内,贮存时间为10倍于半衰期,把放射性浓度降到容许排放的程度。如果放射性污水的浓度很低，水量很小，也可用稀释法处理。
医院污水处理设备在池中采用了新型弹性立体填料，对污水中的有机物质有的去除功能。该设备通过氧化处理之后，产生的污泥量较少，仅需90天排放一次即可。为了避免放生病菌滋生、传播的现象发生，必须对水质进行深度处理。目前应用多的工艺有：紫外线、二氧化氯、臭氧。医院需根据污水水质特点及排放量进行选择。