医院污水处理的原则是：分质分流，局部分隔治理，把污染就近消灭在污染源。主要处理方法为沉淀与。我国常用的剂为二氧化氯，为了提高效率及不产生二次污染多趋向采用臭氧化法，处理后均可达到排放标准。处理过程中产生的污泥常采用石灰法及高温堆肥法进行处理。
1）医院污水受到粪便、传染性和***等病原性微生物污染，具有传染性，可以诱发疾病或造成伤害；
2）医院污水中含有酸、碱、悬浮固体、BOD、COD和动植物油等含毒、有害物质；
3）牙科、洗印和化验等过程产生污水含有重金属、剂、农业生产体系溶剂等，部分具有致癌、致畸或致突变性，危害人体健康并对环境有长远影响；
4）同位素和诊断产生放射性污水。放射性同位素在衰变过程中产生a-、β-和γ-放射性，在人体内积累而危害人体健康。
污水设备安装，在进行基座建设放线前，必须首先确定污水处理设备安装的合理位置及合理布局，配套机械和运输车辆通道，以及上料台、堆料场位置等，必要时予以修整。污水处理设备组合件较多，为保证顺利组装并保持安装后工作性能稳定，在测量放线、预制或砌筑基座前期阶段，须严格按技术规范进行建设。
医院污水处理主要是，即杀灭病原体。常用的方法是氯化或用臭氧(见水的、废水氧化处理法)。
医院排出的放射性废水常用贮存衰减法处理。医院常用的放射性同位素如131碘,32磷,198金，24钠等是半衰期较短的同位素，因此可以将放射性污水贮存于地下专用衰变水池内,贮存时间为10倍于半衰期,把放射性浓度降到容许排放的程度。如果放射性污水的浓度很低，水量很小，也可用稀释法处理。