好氧堆肥的过程，一般分为三个阶段。
首先是中温阶段。中温阶段也称产热阶段，是指堆肥过程的初期，堆层基本呈15～45℃的中温，嗜温性微生物较为活跃而且利用堆肥中可溶性有机物进行旺盛的生命活动。这些嗜温性微生物主要以糖类和淀粉类为基质。
经过中温堆肥阶段后进入第二阶段，也就是高温阶段。当堆温升45℃以上时即进入高温阶段，在这一阶段，嗜温微生物受到抑制甚至死亡，取而代之的是嗜热微生物。堆肥中残留的和新形成的可溶性有机物质继续被氧化分解，堆肥中复杂的有机物如半纤维素、纤维素和蛋白质也开始被强烈分解。
然后进入堆肥的第三个阶段：降温阶段。在发酵后期，只剩下部分较难分解的有机物和新形成的腐殖质。此时微生物的活性下降，发热量减少，温度下降，嗜温性微生物又占优势，对残余较难分解的有机物做进一步分解，腐殖质不断增多且稳定化，堆肥进入腐熟阶段，需氧量也大大减少，含水率降低，堆肥孔隙度增大，氧扩散能力增强，此时只需自然通风。
滚筒式发酵法。发酵滚筒为钢结构，并设有驱动装置，安装成与地面倾斜1.5～3°的角度，采用皮带输送机将畜禽粪便送入滚筒，滚筒定时旋转，一方面使物料在翻动中补充氧气，另一方面，因为滚筒是倾斜的，在滚筒转动过程中，物料由进料端缓慢向出料端移动。当物料移出滚筒时，物料已经腐熟。
现有畜禽粪便发酵罐多为立式，搅拌翅设于搅拌立轴上，搅拌转动阻力大，需要一对液压缸相对称的设于搅拌轴二侧，同步推动搅拌轴中心棘轮使搅拌轴转动，推动功率很大，故液压驱动装置大而笨重，制作、运输、安装很麻烦，搅拌、运转、维修也很麻烦。
卧式滚筒发酵罐加料、出料方便。通过摩擦驱动带动滚筒转动耗电功率小。通过滚筒旋转可推动发酵料前移，搅拌充分，出料容易。可连续运转发酵、出料，发酵效率高。
出料端连接喷淋塔净化装置，可除臭味，一般不需要外接热源，依靠物料自身发酵温度产生热量，滚筒外部设有保温层，以维持发酵温度。具有产量大（单台1-20吨日产量），用电少（驱动电机功率小），价格便宜，机械化程度高等特点。