公司异常不处理的后果包括：受到政府部门的信用联合惩戒、日常经营活动受限、信用受疑导致交易相对方拒绝合作、被列入严重违法企业名单、银行账户被冻结、申请商标受阻等。
1.政府部门实施信用联合惩戒：被列入经营异常名录的企业在申请办理各类登记备案事项、行政许可审批事项和资质审核、从业任职资格等有关事项时，行政管理部门将予以审慎审查。同时，根据《企业信息公示暂行条例》的相关规定，各级政府部门在政府采购、工程招投标、国有土地出让、授予荣誉称号等工作中，对被列入经营异常名录的企业依法予以限制或者禁入。
2.平时的经营活动会受到限制：经营异常名录信息已被银行等金融机构作为贷款、担保、保险等商事活动的参考依据。对被列入经营异常名录的企业，金融机构可能因此而不受理其银行开户、贷款等业务。
3.信用有疑虑可能会致交易相对方拒绝合作：市场交易相对方在选择交易对象时，也对被列入经营异常名录的商事主体进行更为严格的审查，甚至取消与其进行的合作。
4.载入满三年列入严重不合法企业名单：按照法律规定，被列入经营异常名录满3年仍未履行信息公示义务的企业，将被列入严重不合法企业名单，并通过公示系统向社会公示。
5.银行账户被冻结。
6.申请商标受阻。
7.公司异常不处理会导致公司法人、股东的个人征信受到影响，包括无法贷款买房、无法移民、无法领取养养老保险等。此外，公司法人还可能会被限制出境，无法搭乘飞机高铁。
公司异常不处理还会影响到公司的税务问题。如果公司长期不报税，不仅会产生滞纳金，还可能会被税务局认定为“走逃户”，进而影响到公司法人、股东、财务负责人的信用记录，使得他们在全国范围内成立新公司或办理贷款等业务受到限制。