按照用途：微生态制剂可以分为两大类：一类是体内微生态改良剂，将其添加到饲料中用以改良养殖对象体内微生物群落的组成，应用较多的乳酸菌、芽孢杆菌、酵母菌、EM菌等；另一类是水质微生态改良剂，将其投放到养殖水环境中以改良底质或水质，主要有光合细菌、芽孢杆菌、硝化细菌、反硝化细菌、EM菌等。（1）光合细菌
能进行光合作用的一类细菌，其菌体含有丰富的蛋白质、多种维生素以及生物素、类胡萝卜素、辅酶Q等生理活性的物质。该细菌能吸收水体中的氨氮、亚硝基氮、硫化氢和有机酸等有害物质，抑制病原菌生长。
（2）芽孢杆菌
芽孢杆菌为革兰氏阳性菌，是普遍存在的一类好氧性细菌，该菌能已内孢子的形式存在于水生动物的肠道内并分泌活性很强的蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶，可有效提高饲料的利用率，促进水生动物生产；它也可以消灭或减少致病菌来改善水质；芽孢杆菌还可以分解并吸收水体及底泥中的蛋白质、淀粉、脂肪等有机物已改善水质和底质；
（3）硝化细菌
硝化细菌是亚硝化细菌和硝化细菌的统称，属于自营性细菌的一类。亚硝化细菌将水体中的氨氮转化为亚硝酸氮，硝化细菌能将亚硝酸盐化为对水生动物无害的硫酸氮，硝化细菌主要与其他细菌一起制成复合微生物制剂。
（4）反硝化细菌
反硝化细菌由具有反硝化作用的微生物种群组成，主要是把硝酸盐或亚硝酸盐转变成氮气释放出来，多用于处理底泥。在养殖池底层溶解氧低于0.5mg/L、PH值8-9的条件下，反硝化细菌能利用有机物的底泥作为碳源，将底泥中的硝酸盐转化为无害的氮气排入大气中。反硝化过程能大量消耗池塘底层的发酵产物和沉积于底层的有机物，使底层污泥中有机物和硝酸盐的含量迅速减少，有效防止气候突变引起的水质巨变。
（5）乳酸菌
乳酸菌是一种能使糖类发酵产生乳酸的细菌，它能抑制有害微生物的活动、致病菌的增值，有机物的腐败。乳酸菌可以分解在常温下不易分解的木质素和纤维素，使有机物发酵转化成对动植物有效的成分。
（6）酵母菌
酵母菌是一群属于真菌的单细胞动物，含有较高的氨基酸，纤维素等营养成分。在有氧条件下，酵母菌可将溶于水的糖类转化为二氧化碳和水。在缺氧的条件下，酵母菌可利用糖类作为碳源进行发酵和繁殖酵母菌体。所以酵母菌能有效分解溶于水体中的糖类，迅速降低水体中的生物耗氧量。
（7）革兰氏阳性放线菌群
革兰氏阳性放线菌属好气性菌群。它能从光合作用中获得基质，产生各种抗生素及酶，直接抑制病菌，促进有益微生物增值。放线菌和光合细菌混合使用效果更好。它还能分解常态下不易分解的木质素、纤维素、甲壳素，有利于动植物吸收。
（8）硫化细菌
硫化细菌是一种能将无机硫化物氧化为硫酸的自氧型细菌，并从氧化无机硫中获得能量，硫化细菌广泛分布于池塘底泥和水体中，其氧化作用提供了水生植物可利用的硫酸态的硫元素，降低池内硫、硫化氢的含量。
（9）EM菌
EM菌为有效微生物群的英文缩写，是由光合细菌、乳酸菌、酵母菌等多种有益菌种复合培养而成的微生物群落，它们能通过共生增殖关系组成复杂而又相对稳定的微生态系统。EM中的有益微生物经固氮、光合等一系列分解、合成作用，可使水中的有机物质形成各种营养元素供自身及饵料生物的生长繁殖，同事增加水中的溶解氧，降低氨、硫化氢等有毒气体的含量，维持养殖水环境的平衡。另外，EM菌还能在肠道内形成优势菌群抑制大肠杆菌的活动，并促进机体对饵料的消化吸收，使排泄物中的氨氮含量减少，起到净化水质，促进生长的作用。
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