1.IC卡在使用时，必须要先通过IC卡与读写设备间特有的双向密钥认证后，才能进行相关工作,从而使整个系统具有极高的安全保障。所以，就必须对出厂的IC卡进行初始化（即加密），目的是在出厂后的IC卡内生成不可的一卡通系统密钥，以保证一卡通系统的安全发放机制。而ID卡不用。
2.IC卡初始化加密后，交给用户使用时，客户通过IC卡发行系统，又将各用户卡生成自己系统的专用密钥.这样，就保证了在其它用户系统发行的用户卡不能在该系统使用，保证了系统的专一性，从而保证了系统的安全使用机制。
3.ID卡与磁卡一样，都仅仅使用了“卡的号码”而已，卡内除了卡号外，无任何保密功能，其“卡号”是公开，裸露的。所以说ID卡就是“感应式磁卡”，也就根本谈不上需要还是不需要初始化的问题。
4.初始化过程为什么不交由用户自己做呢？这是因为：
1)如果由用户自己初始化，就不能防范用户内部人员。因为用户在使用一卡通系统时，若有员工用社会上买来的卡随意初始化，便可随意发行成住户才能使用的住户卡，甚至可随意给卡充值消费，这不仅将造成严重后果，也将导致一卡通系统的安全出现使用机制上的严重漏洞。
2)另外，若用户买到劣质出厂卡自己初始化，而在系统上不能使用，则会使系统使用性能不良或瘫痪,这将造成事故责任不清。
3)初始化过程在厂家执行，主要是IC卡安全密钥认证机制的基本需要，也是IC卡系统集成商的行规。就像城市公共交通IC卡一样，这些卡在交给公交系统使用前，每张卡的密钥都要进行出厂加密控制。
4)如果因用户缺乏专业性管理而万一丢失了初始化授权用的密钥卡，用户和厂家将无法补用该卡。所以，初始化工作由厂家做，才有安全保障。