虽然肿瘤标记物缺乏特异性，但在辅助诊断和判断预后等方面仍有一定价值。主要包括酶学检查，如碱性磷酸酶，在肝癌和骨肉瘤患者可明显升高；糖蛋白，如肺癌血清ɑ酸性糖蛋白可有升高，消化系统肿瘤CA19-9等增高；肿瘤相关抗原，如癌胚抗原（CEA）在胃肠道肿瘤、肺癌、乳腺癌中可出现增高，甲胎蛋白（AFP）在肝癌和恶性畸胎瘤中可增高。