1、按照生产工艺流程进行合理布局
一般来说，食品加工过程是原料—半成品—成品，加工车间须按照产品的加工进程顺序进行布局，即从非清洁到清洁环节过渡，不允许在加工流程中出现交叉和倒流。清洁区与非清洁区之间要采取相应的隔离措施，以便控制彼此间的人流和物流，从而避免产生交叉污染，加工品传递通过传递窗进行。
2、原料的处理与成品生产使用同一洁净区域
原料的接收、验收，原材料预处理和原料保管，全部生产加工过程直到成品入库，要求在一条生产流水线上，杜绝生产加工过程的交污染。
3、无菌洁净车间的空间要与生产相适应
洁净车间的大小依需要而定，一般情况下，生产净化车间内的加工人员的人均拥有面积（除设备外）不少于1.5 平方米。过于拥挤的净化车间，不仅妨碍生产操作，而且人员之间的相互碰撞，人员工作服与生产设备的接触，很容易造成产品污染。另外，车间内的墙壁应光滑无死角，以便清洗和。洁净车间应为密闭式并保持车间静压差为正压，设置空气用的紫外线灯、臭氧、空气过滤净化器和空气净化装置。
4、生产区、生活区和厂前区布局合理
生活区(包括宿舍、食堂、浴室等)应位于生产区的上风向。厂前区(包括传达室、办公楼、停车场、车库等)要与生产区分开。物流通道和产尘量大的建筑，如锅炉房，要建在厂区常年主导风向的下风侧。相互有影响的生产工艺，不宜设在同一建筑物内时，各自生产区域之间应有有效的隔断措施。生产发酵产品应具备专用发酵车间。
食品厂无菌洁净车间的环境对产品有着很大的影响，像无菌车间外源性污染源，主要是通过门和食品无菌车间内外通道侵入的室外空气。因此设计布局需要依据工艺操作为前提。洁净度的高低由里往外逐级减弱，抵御室外污染空气的侵入。同时为物料和人员进出食品无菌车间设置相应的控制措施，例如物料的气闸、人员的无菌更衣系统以及室内废弃物传递出来的通道等。在装修选材、暖通、给排水、气路压差设置这些内容上都会有专业的要求。