1、包装不同：
因为飞天茅台一开始就是用作外销的，为了彰显国酒的品质，茅台酒厂也较注重飞天，不论是酒瓶、包装、防伪方面都比五星好，显得一些。
2、价格不同
每生产一瓶飞天茅台就要向贵州省粮油进出口公司支付必定的商标费用，而五星茅台就没有这个费用。还有一点，飞天配2个小酒杯，五星没有。所以飞天茅台比五星茅台贵一点。
3、商标不同
1954年5月1日，茅台酒厂成功注册了“金轮牌”商标，也就是那个麦穗围绕着五星的商标，这个商标就是五星茅台的前身。
实际上当年商标局注册的“飞天”商标共有两枚，它们都原归于贵州省粮油进出口公司，一枚是“飞天童子献酒图”，即如今飞天茅台瓶身上的那枚。