无菌实验室通常分为内外两间，内间是无菌室，外间是缓冲室，无菌室应操作人员进入，进入时应着隔离衣和专用鞋，操作时佩戴口罩，以保证室内的无菌状态。
无菌室应配备空调设备，以保持适宜的温度和湿度，避免因室温影响工作。
无菌室的布局设计和建造应有利于避免交叉污染，便于清洁和维护。
无菌室应完全封闭，人员出入应有两道门，其间隔有缓冲区，进出无菌室至少要经两道门，中间隔有缓冲间，无菌室与外间设置一个可开闭的窗口，用于传递器具。
无菌室必须保持整洁，使用前和操作结束后应用紫外线30min，定期用乳酸或甲醛熏蒸彻底。
无菌室内应有空气过滤装置，并安装空调。
无菌室仅用于培养基分装等无菌操作，不能进行有菌标本的操作。
实验室应制定进出洁净区域的人和物的控制程序和标准操作规程，对可能影响检验结果的工作（如洁净度验证及监测、、清洁维护等）进行有效控制、监测和记录。
微生物实验室的使用权限应限于经授权的工作人员，实验人员应了解洁净区域的正确进出程序（包括更衣流程），以及该洁净区域的预期用途、使用限制及原因、适当的洁净级别。