由于洁净室是密闭性很强的建筑，其安全疏散成为非常重要和突出的问题，和净化空调系统设置也有密切关系，一般应注意以下几点:
每一生产层防火区或洁净区至少设2个安全出口，只有面积小于50m'， 人员少于5人时，可允许只设一个安全出口；
人净入口不应作疏散出口，因为人净路线往往迂回曲折，一旦烟火迷漫，要求人员很快跑到室外是很困难的事；
风淋室不能作为一般出入通道，由于这种门常为两扇联锁或自动，一旦出现故障，非常影响疏散，所以一般均在风淋室设旁通门，工作人员多于5人时设此门，平时工作人员出洁净室时不应走风淋室而应走旁通门；
洁净区内各洁净室的门，考虑到维持室内压力状况的需要，其开设方向要朝向压力大的房间，因为要靠压力把门压紧，这显然和安全疏散的要求相反，为了考虑平时洁净和紧急疏散时的两方面要求，规定洁净区和非洁净区之间的门、洁净区与室外的门作为安全疏散门对待，其开启方向一律朝向疏散方向，当然，单设的安全门也是如此。