(一)两者格式和记载的内容不同
银行承兑汇票属于我国《票据法》规定的票据，国内信用证是《国内信用证结算办法》明确的结算方式，两者的格式都由人民银行统一规定，但具体内容大不相同。银行承兑汇票上的必须记载事项有“表明银行承兑汇票的字样”、无条件支付的委托、确定的金额、付款人名称、收款人名称、出票日期、出票人签章；而信用证上的要素相对较多，除了相应的当事人名称、账号、金额等要素外，还有对货物的详细描述，以及对卖方提供单据的具体要求等。
(二)两者所体现的内在结算方式不同
国内信用证体现的是单款对流的方式，银行承兑汇票体现的是货款对流的方式。在国内信用证项下的商品交易，卖方是凭单交货，买方是凭单付款。卖方向承运人提供货物后获得运输单据(凭单交货)，再将全套单据(包括代表物权的单据如货物提单、商业发票等)交给银行，由银行办理托收(或向银行办理议付)，买方向通知行付款赎单(凭单付款)。而银行承兑汇票项下的商品交易通常采用的是一手交钱，一手交货的方式即买方向卖方交付票据(通过背书方式)，卖方验票后交货。
(三)两者对各自项下商品交易的要求和约束不同
虽然申请办理银行承兑汇票时，银行要求申请人提供双方交易合同，但不能保证申请人在获得银行承兑汇票后，真正用这张票去履行该笔合同。通常，银行在作出承兑后，不再去管汇票的流向和其实际的用途，只是到期负责支付汇票款项。